Đến năm 1998 sở Thể dục thể thao được thành lập trên cơ sở tách ra từ Sở Văn hóa Thông tin – Thể dục thể thao Quảng Nam. Trong quá trình sắp xếp, hình thành tổ chức bộ máy trong nội bộ Sở để đảm bảo công tác lãnh đạo, điều hành các hoạt động Thể thao thành tích cao cho tỉnh Quảng Nam, chi ủy chi bộ Sở Thể dục thể thao đã họp, thảo luận về vấn đề này và đã trình xin ý kiến của Ban Thường vụ Tỉnh ủy Quảng Nam, Thường trực Ủy Ban Nhân dân tỉnh Quảng Nam về việc thành lập Trường Năng khiếu Nghiệp vụ Thể dục Thể thao Quảng Nam để huấn luyện, đào tạo vận động viên cho tỉnh nhà.
Mặc dù tỉnh mới thành lập với bộ bề công việc, nhưng xét thấy cần thiết nên Lãnh đạo UBND tỉnh đã cho ý kiến thống nhất, trên tinh thần đó giám đốc Sở Thể dục thể thao Quảng Nam đã ký quyết định số 69/QĐ.TDTT ngày 10/11/1998 v/v “Thành lập tổ công tác nghiên cứu và xây dựng đề án thành lập Trường Năng khiếu Nghiệp vụ Thể dục thể thao tỉnh Quảng Nam”. Tổ công tác đã tích cực tập trung nghiên cứu, học tập thực tế mô hình thể thao thành tích cao tại các tỉnh, thành trên cả nước, đặc biệt là khu vực Miền Trung để xây dựng đề án, sau hơn một tháng triển khai khẩn trương và nghiêm túc đề án đã được xây dựng và được lấy ý kiến của lãnh đạo, cán bộ chủ chốt của sở và các sở ban ngành liên quan. Đề án đã được tiếp thu nghiêm túc, đầy đủ các ý kiến và được trình cho Ban Tổ chức Chính quyền tỉnh để trình Ủy ban Nhân dân tỉnh ra quyết định thành lập Trường. Đến ngày 30/12/1998, Chủ tịch Ủy ban Nhân dân tỉnh Quảng Nam ký quyết định số 2632/1998/QĐ-CT thành lập “Trường Năng khiếu Nghiệp vụ Thể dục thể thao tỉnh Quảng Nam”. Đây là kết quả của một chủ trương đúng đắn, phù hợp với xu thế phát triển của Quảng Nam trong thời kỳ công nghiệp hóa, hiện đại hóa và hội nhập của đất nước. Đặc biệt, chăm sóc sức khỏe, tăng cường thể chất của nhân dân được coi là một nhiệm vụ quan trọng của Đảng và Chính phủ. Nhiệm vụ xây dựng và bảo vệ Tổ quốc đòi hỏi nhân dân ta phải có sức khỏe dồi dào, thể chất cường tráng…Vận động thể dục, thể thao là một biện pháp hiệu quả để tăng cường lực lượng sản xuất và lực lượng quốc phòng của nước nhà, đó chính là quan điểm của Đảng ta về phát triển sự nghiệp Thể dục thể thao Việt Nam.
Trường Năng khiếu nghiệp vụ Thể dục thể thao tỉnh Quảng Nam với chức năng, nhiệm vụ tuyển chọn, đào tạo học sinh năng khiếu các môn thể thao của tỉnh; tham mưu cho Lãnh đạo Sở thành lập các đội tuyển, đội dự tuyển các môn thể thao của tỉnh để huấn luyện và tham gia thi đấu các giải thể thao thành tích cao cấp khu vực, toàn quốc; bổ sung vận động viên cho các đội tuyển quốc gia; bồi dưỡng chuyên môn nghiệp vụ thể dục thể thao cho các đối tượng là cán bộ, huấn luyện viên, hướng dẫn viên, cộng tác viên và vận động viên của các đơn vị, địa phương trong tỉnh và các đối tượng khác có nhu cầu theo học các môn thể dục thể thao trong tỉnh.
Trải qua 20 năm xây dựng và phát triển, cùng với sự chỉ đạo trực tiếp của Sở văn hóa, Thể thao và Du lịch Quảng Nam và sự hỗ trợ tích cực của các cơ quan ban ngành trên địa bàn tỉnh; các thế hệ lãnh đạo, viên chức, người lao động, huấn luyện viên và vận động viên của nhà trường đã nổ lực không ngừng và đạt được những thành tựu có ý nghĩa.
Hoạt động và sự lớn mạnh của Trường Năng khiếu Nghiệp vụ Thể dục thể thao tỉnh Quảng Nam được đặt dưới sự chỉ đạo trực tiếp của sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Quảng Nam. Để xây dựng nhà trường ngày càng phát triển vững mạnh, nhà trường xác định công tác xây dựng chi bộ Đảng phải được quan tâm hàng đầu. Từ Tổ Đảng với 3 đảng viên, đến nay chi bộ Đảng nhà trường đã có 15 đảng viên. Tập thể chi ủy chi bộ nhà trường là một khối đoàn kết, thống nhất; vững vàng về tư tưởng chính trị và cả trình độ chuyên môn nghiệp vụ, đã lãnh đạo toàn diện các hoạt động của nhà trường; trong đó trọng tâm là công tác tư tưởng, tổ chức và cán bộ. Trên cơ sở bám sát chủ trương, đường lối của Đảng, chính sách pháp luật của Nhà nước, các quy định của Tỉnh, của ngành, của sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch và tình hình thực tế của nhà trường Chi bộ đã làm tốt công tác tư tưởng cho cán bộ, đảng viên, huấn luyện viên, vận động viên, người lao động, giúp họ an tâm công tác và huấn luyện, tập luyện góp phần mang lại thành tích cao nhất. Nhà trường luôn quan tâm đến công tác bồi dưỡng, nâng cao trình độ cho đội ngũ cán bộ để đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ ngày một cao hơn, nâng cao trình độ chuyên môn của huấn luyện viên và vận động viên. Vì vậy số lượng và đội ngũ cán bộ, huấn luyện viên, vận động viên của nhà trường ngày càng lớn mạnh, đảm bảo về số lượng và chất lượng. Số lượng vận động viên được đào tạo theo 4 tuyến là học sinh năng khiếu, đội tuyển năng khiếu tỉnh, đội tuyển trẻ tỉnh và đội tuyển tỉnh; số lượng vận động viên hiện nay là 220 của 11 môn thể thao. Vận động viên của nhà trường được ở nội trú nên công tác chăm lo sức khỏe, sinh hoạt, học tập và chế độ dinh dưỡng được nhà trường đặc biệt quan tâm.
Trải qua 20 năm xây dựng và phát triển, đến nay Trường năng khiếu Nghiệp vụ Thể dục thể thao tỉnh Quảng Nam là nơi đào tạo vận động viên thành tích cao cho tỉnh Quảng Nam bao gồm các bộ môn: Điền kinh, Bóng chuyền, Đua thuyền, Bắn súng, Võ Cổ truyền, Taekwondo, Karatedo, Wushu, Vovinam, Cầu lông, Bóng bàn; nhiều bộ môn đã có vận động viên đạt được kết quả cao cấp quốc gia, khu vực và thế giới như:
Phạm Thị Thu Hiền (Taekwondo) đạt huy chương đồng tại Đại hội thể thao Châu Á (ASIAD);
Đặng Thị Thúy, Đặng Văn Chín, Lê Thị Hồng Ngoan (Pencak Silat), Bùi Thị Triều (Karatedo), Phạm Thị Thu Hiền (Taekwondo) đạt huy chương vàng tại Đại hội Thể thao Đông Nam Á (SEA Games);
Nguyễn Thị Hòa, Vương Nguyên Long (môn Điền Kinh), Cao Khẩn, Phan Văn Hải, Nguyễn Thị Tân An, Nguyễn Hồng Ninh (Võ Cổ truyền), Nguyễn Văn Thanh, Phạm Thị Thu Hiền, Huỳnh Thị Mỹ Khanh (Taekwondo), Bùi Thị Triều, Huỳnh Thanh Chinh, Phạm Thị Thư, Võ Văn Mạnh (môn Karatedo); Hồ Viết Thanh Sang (bắn súng) đạt huy chương vàng tại các kỳ Đại hội Thể thao toàn quốc.
Đặc biệt, trong giai đoạn đầu khi mới thành lập nhà trường thực hiện nhiệm vụ huấn luyện – đào tạo bóng đá trẻ ở độ tuổi U15, U18, cung cấp vận động viên cho đội tuyển bóng đá tỉnh như: Huỳnh Quốc Anh, đây là nguồn lực cho độ bóng đá hạng nhì Quảng Nam lúc bấy giờ và hiện nay là đội bóng đá chuyên nghiệp. Huy chương đạt được qua các năm cũng tăng lên từ 56 huy chương các loại vào năm 2005 lên 65 huy chương các loại vào năm 2013 và tăng mạnh cho đến năm 2018; kết quả đạt được năm 2018: 157 huy chương các loại, gồm có 40 HCV, 39 HCB và 78 HCĐ; tại Đại hội Thể thao toàn quốc lần thứ VIII, năm 2018: Đoàn Quảng Nam xuất sắc giành được 04 HCV, 06 HCB và 12 HCĐ, đây là thành tích xuất sắc nhất từ trước đến nay; được Tổng cục TDTT Phong đẳng cấp Kiện tướng cho 16 VĐV (21 lượt), đẳng cấp Dự bị kiện tướng: 02 VĐV, đẳng cấp Cấp I cho 53 VĐV (92 lượt); cung cấp 11 VĐV cho đội tuyển và đội tuyển trẻ quốc gia.
Thành tích thể thao của vận động viên tỉnh Quảng Nam đạt được trong các kỳ thi đấu trong nước và quốc tế là đáng ghi nhận. Để đạt được kết quả như trên nhà trường đã thực hiện đồng bộ, có hiệu quả từ công tác tổ chức tuyển chọn, quản lý, huấn luyện, khoa học kỹ thuật đến việc chỉ đạo trong thi đấu. Đẩy mạnh công tác huấn luyện - đào tạo, nâng cao trình độ vận động viên để tham gia đạt hiệu quả tại các giải thể thao cấp quốc gia hàng năm, các kỳ Đại hội Thể thao toàn quốc (2022, 2024) và Đại hội Thể thao Đông Nam Á (2019, 2021, 2023). Xây dựng đội ngũ huấn luyện viên đảm bảo yêu cầu huấn luyện vận động viên đạt thành tích cao tại các giải đấu quốc gia, khu vực và quốc tế. Tăng cường công tác quản lý nhà nước đối với lĩnh vực thể dục, thể thao; chú trọng giáo dục chính trị, tư tưởng, đạo đức, lòng yêu nghề, phấn đấu vì thành tích thể thao và màu cờ sắc áo của quê hương. Xây dựng cơ sở vật chất, công trình thể thao và đầu tư trang thiết bị dụng cụ đáp ứng yêu cầu tập luyện và thi đấu của các môn thể thao thành tích cao.
Bước vào giai đoạn phát triển mới về Thể thao thành tích cao và để hội nhập quốc tế; xây dựng phong trào Thể dục thể thao xứng tầm với tiềm năng và thế mạnh của con người đất Quảng, nhà trường xác định các vấn đề trọng tâm sau:
Một là, tăng cường công tác tuyển chọn, quản lý và đào tạo, huấn luyện nâng cao để phát triển tài năng thể thao: Đa dạng hóa hình thức tuyển chọn và áp dụng các tiến bộ khoa học và công tác tuyển chọn, đánh giá trình độ phát triển chuyên môn, huấn luyện nâng cao thành tích thể thao cho vận động viên; Phối hợp với Sở Giáo dục và Đào tạo chủ động tổ chức học tập văn hóa, giáo dục đạo đức, chính trị tư tưởng cho vận động viên theo hướng chuyên nghiệp; tăng cường công tác quản lý huấn luyện, nâng cao chất lượng các buổi tập, lượng vận động phù hợp cho từng vận động viên, đảm bảo nâng cao trình độ chuyên môn cho vận động viên; tăng cường công tác kiểm tra, giám sát công tác huấn luyện của huấn luyện viên và tập luyện của vận động viên; phát triển số lượng vận động viên phải đi đôi với việc đảm bảo chất lượng để đảm bảo tính ổn định lâu dài.
Hai là, Xây dựng lực lượng huấn luyện viên: Căn cứ hiệu quả huấn luyện từng năm và định kỳ giai đoạn Đại hội Thể thao toàn quốc (4 năm một lần) tiến hành đánh giá, tuyển chọn, sắp xếp lại đội ngũ huấn luyện viên để đảm bảo trình độ và năng lực công tác; cử các huấn luyện viên tham gia các khóa học, bồi dưỡng nâng cao trình độ và cập nhật những kiến thức mới nhất về công tác huấn luyện do Tổng cục Thể dục thể thao, Liên đoàn, Hiệp hội Thể thao các môn và Uỷ ban Olympic quốc gia, quốc tế (IOC) tổ chức, tạo điều kiện thuận lợi cho các huấn luyện viên có năng lực và trình độ ngoại ngữ ra nước ngoài học tập, nâng cao trình độ huấn luyện; cử huấn luyện viên tập huấn tại các đội tuyển quốc gia để nâng cao trình độ chuyện môn; chọn lọc các vận động viên có trình độ cao, có kiến thức văn hóa, có phẩm chất đạo đức tốt và có lòng say mê nghề nghiệp để đưa đi đào tạo đại học; thu hút những huấn luyện viên giỏi trong và ngoài nước cho các môn thể thao mũi nhọn và một số môn thể thao mới phát triển tại tỉnh.
Ba là, Xác định và đầu tư sâu các môn thể thao theo nhóm: Tập trung đầu tư mạnh các môn thể thao ở Nhóm I (Đua thuyền, Bắn súng, Karatedo, Vovinam, Taekwondo, Võ Cổ Truyền); Tiếp tục duy trì và phát triển các môn thể thao ở Nhóm II (Wushu, Bóng chuyền, Bơi, Điền kinh, Cử tạ, Kick Boxing); Khuyến khích phát triển theo hướng xã hội hóa các môn thể thao Nhóm III (Billard-Snooker, Quần vợt, Cầu lông, Bóng bàn...)
Bốn là, Xây dựng đội ngũ cán bộ quản lý và nhân viên kỹ thuật: Bồi dưỡng, nâng cao trình độ chuyên môn, phẩm chất chính trị cho đội ngũ cán bộ quản lý Thể dục thể thao vững vàng về tư tưởng chính trị, giỏi về chuyên môn nghiệp vụ bao gồm: Cán bộ, chuyên viên làm công tác quản lý thể thao thành tích cao, Huấn luyện viên trưởng các bộ môn; phấn đấu đến năm 2020, trình độ chuyên môn của các đối tượng trên tối thiểu phải có bằng đại học chuyên ngành Thể dục thể thao, giữ vững đội ngũ cán bộ lãnh đạo nhà trường phải có trình độ tối thiểu từ thạc sĩ trở lên; biết sử dụng thành thạo công nghệ thông tin phục vụ cho công tác chuyên môn; đối với đội ngũ nhân viên phục vụ và kỹ thuật viên phải thường xuyên được đào tạo, bồi dưỡng các kiến thức chuyên ngành, ứng dụng khoa học công nghệ, sử dụng thành thạo các trang thiết bị kỹ thuật phục vụ cho công tác huấn luyện đào tạo các vận động viên, đặc biệt là đội ngũ cán bộ y học thể thao, kỹ thuật viên chữa trị chấn thương và chăm sóc vận động viên.
Năm là, Thực hiện chế độ dinh dưỡng đặc thù và chế độ ưu đãi cho huấn luyện viện và vận động viên: Áp dụng cơ chế, chính sách ưu đãi các chế độ về lương, thưởng để khuyến khích vận động viên, huấn luyện viên, cán bộ quản lý công tác thể thao thành tích cao, trưởng các bộ môn thể thao của tỉnh; các danh hiệu, các chế độ ưu đãi về học tập, chữa trị chấn thương và bệnh tật trong quá trình tập luyện, thi đấu; xây dựng chính sách ưu đãi về đào tạo nghề và bố trí việc làm cho các vận động viên đạt thành tích cao sau khi kết thúc quá trình cống hiến; các vận động viên chuyên nghiệp trong và ngoài tỉnh được ký hợp đồng lao động trong thời gian tham gia tập luyện và thi đấu cho các đội tuyển thể thao tỉnh Quảng Nam; đối với các huấn luyện viên, vận động viên thuộc diện thu hút về công tác tại tỉnh, tùy theo trình độ chuyên môn và năng lực sẽ được ký hợp đồng ngắn hạn hoặc dài hạn và được tạo điều kiện thuận lợi để đối tượng này an tâm công tác cống hiến tài năng cho thể thao thành tích cao của tỉnh.
Sáu là, Tăng cường hợp tác với các địa phương mạnh trong và ngoài nước: Mở rộng mối quan hệ với các địa phương, các Trung tâm thể thao quốc gia, các Trường Đại học thể dục thể thao, đặc biệt là Trung tâm Huấn luyện quốc gia Đà Nẵng, Trường Đại học Thể dục thể thao Đà Nẵng, Trung tâm Huấn luyện và Đào tạo vận động viên thành phố Đà Nẵng để tranh thủ sự giúp đỡ về cơ sở vật chất, sân bãi, trang thiết bị dụng cụ tập luyện, công tác đào tạo huấn luyện viên, vận động viên, ứng dụng khoa học công nghệ mới trong lĩnh vực thể thao thành tích cao và tranh thủ sự giúp đỡ về chuyên môn nghiệp vụ cũng như công tác tuyển chọn vận động viên năng khiếu; tăng cường quan hệ hợp tác quốc tế với các nước trong khu vực và Châu Á; đăng cai tổ chức các giải thể thao cấp quốc gia nhằm nâng cao trình độ tổ chức sự kiện Thể dục thể thao cho đội ngũ cán bộ của Ngành; đồng thời, tạo cơ hội để tăng cường các mối quan hệ cho thể thao Quảng Nam với các cá nhân, tổ chức, địa phương trong lĩnh vực thể thao, từ đó góp phần quảng bá hình ảnh Quảng Nam với các địa phương trong toàn quốc.
Bảy là, Ứng dụng khoa học - công nghệ: Tăng cường đầu tư cho công tác đào tạo cán bộ y học, kỹ thuật viên và mua sắm trang thiết bị phục vụ cho việc phục hồi sức khỏe vận động viên; ứng dụng các thành tựu khoa học - công nghệ trong việc trang bị phương tiện dụng cụ tập luyện, thi đấu, trong xây dựng chương trình huấn luyện.
Tám là, Đầu tư cơ sở vật chất cho thể thao: Tham mưu các ngành, các cấp đầu tư cơ sở vật chất cho thể thao đáp ứng cho sự phát triển của thể thao thành tích cao xứng tầm với tiềm năng của tỉnh.
Với những kết quả đạt được của 20 năm xây dựng và phát triển, được sự quan tâm giúp đỡ của các cấp, các ngành, sự tin tưởng của nhân dân và nhất là sự nỗ lực quyết tâm của đội ngũ lãnh đạo, quản lý, huấn luyện viên, viên chức, người lao động và vận động viên, nhà trường tự tin sẽ hoàn thành sứ mệnh của mình, góp phần thực hiện Chiến lược phát triển thể dục, thể thao đến năm 2020 trong lĩnh vực khoa học, công nghệ, Chương trình hành động số 16- CTr/TU ngày 23 tháng 7 năm 2012 của Tỉnh uỷ Quảng Nam về thực hiện Nghị quyết số 08-NQ/TW ngày 01 tháng 12 năm 2011 của Bộ Chính trị "Về tăng cường sự lãnh đạo của Đảng, tạo bước phát triển mạnh mẽ về thể dục, thể thao đến năm 2020..." và Nghị quyết số 25/2011/NQ-HĐND ngày 9 tháng 12 năm 2011 của Hội đồng nhân dân tỉnh khoá VIII, kỳ họp thứ 03 “Về quy hoạch phát triển sự nghiệp thể dục, thể thao tỉnh Quảng Nam giai đoạn 2012 – 2020...”, tầm nhìn đến năm 2025; từng bước hội nhập với cả nước và khu vực, đưa Thể thao thành tích cao của tỉnh nhà phát triển vững mạnh trong xu thế hội nhập hiện nay.